Od 1919 do 1938 Wojtyłowie mieszkali na piętrze domu przy ul. Kościelnej 7 (dawniej Rynek 2, mieszkania 4). W kamienicy mieścił się wtedy sklep Chiela Bałamutha oraz inne sklepy i zakłady rzemieślnicze, tworząc swego rodzaju dom towarowy. Mieszkanie Wojtyłów składało się z trzech pomieszczeń w amfiladzie: kuchni, sypialni i salonu. Z dziedzińca krętymi schodami wchodziło się na balkon, z którego bezpośrednio można było wejść do kuchni – dziś wejście to jest przeszklone, a z uwagi na organizację zwiedzania do mieszkania wchodzi się przez salon.
Mieszkanie Wojtyłów urządzone było po mieszczańsku. Dziś można je oglądać odtworzone na podstawie wspomnień sąsiadów i kolegów Karola Wojtyły. Wyposażono je w meble z epoki i zachowane oryginalne przedmioty należące do Wojtyłów, m.in. haftowane przez Emilię Wojtyłową serwetki, jej torebkę oraz złoty wisiorek, a także część rodzinnej zastawy stołowej i fotografie z rodzinnego albumu.
Przez okno kuchni, Karol widział na ścianie kościoła parafialnego zegar słoneczny z napisem Czas ucieka, wieczność czeka. W kuchni zobaczyć można autentyczne pojemniki na oliwę, cukier i ocet, piec z żeliwnymi okuciami, zlew (z początku lat 30., gdy doprowadzono wodociąg) oraz metalową formę do pieczenia wielkanocnego baranka, którą Emilia pożyczała od sąsiadki. Mieszkanie Wojtyłów jest sercem Muzeum, jednak – tak jak Karol i jego ojciec latem 1938 roku – trzeba je opuścić, by pójść śladami naszego Ojca Świętego.
