Wadowice
Jest to strefa poświęcona młodzieńczym latom Karola Wojtyły – korzeniom Jego osobowości i duchowości. Pokazuje Wadowice lat 20. i 30. XX wieku – tak jak zapamiętał je przyszły papież – pełne bogactwa kultury i duchowości. Na trzech wielkich podświetlonych panelach multimedialnych pokazano najważniejsze momenty życia Karola Wojtyły z wadowickiego okresu. Są tam fotografie jego rodziny, kolegów i przyjaciół, a także osób, zasłużonych dla Wadowic. W oddzielnych gablotach można zobaczyć wyjątkowe pamiątki m.in. świadectwo dojrzałości Karola Wojtyły, jego własnoręcznie napisany życiorys oraz pamiętnik Danuty Pukłówny z wpisem Karola Wojtyły z 25 maja 1938 roku. Duży stół multimedialny zawiera plan miasta, na którym zaznaczono miejsca (opisy, zdjęcia), które Ojciec Święty wymienił w pamiętnym przemówieniu z czerwca 1999 r. Jedna ze ścian poświęcona jest historii Wadowic okresu międzywojennego.
Sklep Bałamutha
Wadowice Karola Wojtyły to świat dwóch przenikających się kultur i religii, stąd w Małej Ojczyźnie ekspozycja poświęcona wadowickim Żydom, którzy przed wojną stanowili ok. 20 proc. mieszkańców miasta. W sali zaprojektowanej jako przedwojenny sklep Chiela Bałamutha, który był właścicielem kamienicy i wynajął mieszkanie Wojtyłom, zgromadzono liczne fotografie, m.in. Jerzego Klugera, z którym Karol Wojtyła przyjaźnił się od czasów szkolnych do końca życia, oraz pamiątki po Żydach z Wadowic. W tym miejscu znajduje się także mur symbolizujący jerozolimską Ścianę Płaczu, przy której w 2000 roku modlił się Jan Paweł II oraz multimedialna prezentacja z wizyty Papieża w rzymskiej synagodze (1984).
Karmel i Kalwaria Zebrzydowska
W tej części wystawy można zobaczyć eksponaty i fotografie związane z dwoma ważnymi dla duchowości przyszłego Papieża miejscami. Pierwszym z nich jest wadowicki Karmel, czyli klasztor oo. karmelitów na Górce. Tam Karol przyjął swój pierwszy szkaplerz, który teraz jest jednym z najcenniejszych eksponatów Muzeum. To także tu ma początek fascynacja karmelitańską duchowością, co znalazło wyraz w pracy magisterskiej i doktorskiej Karola Wojtyły. Drugim miejscem, którego nie mogło zabraknąć jest sanktuarium Matki Bożej w Kalwarii Zebrzydowskiej. Udał się tam po raz pierwszy prawdopodobnie w 1930 roku, a potem wracał tam jako ksiądz, biskup i papież.
Góralski baca
Karol Wojtyła wychował się u podnóża Beskidu Małego, od najmłodszych lat wędrował po pobliskich górach. Z górami związany był przez całe życie. Nic więc dziwnego, że nazwał siebie człowiekiem gór. Zawsze był blisko natury, zachwycał się jej pięknem i potęgą, co niejednokrotnie znajdowało wyraz w jego poezji. W tej części ekspozycji znajduje się sprzęt narciarski Karola Wojtyły, również ten z czasów pontyfikatu. Tu można też obejrzeć unikatowe prywatne zdjęcia filmowe z otoczonych tajemnicą wypraw Papieża. Z tego miejsca idąc schodami w górę, można oglądać fotografie i eksponaty związane z górskimi wyprawami Karola Wojtyły, np. wełniane podkolanówki, trampki czy pojemnik na wodę.