Okres krakowski obejmuje czterdzieści lat życia Karola Wojtyły, od wyjazdu z Wadowic w 1938 do wyboru na Stolicę Piotrową w 1978. W tej części wystawy można zobaczyć eksponaty dotyczące życia przyszłego Papieża w czasie II wojny światowej, np. te związane ze studiami, z pracą w kamieniołomie na Zakrzówku i przygotowaniem do kapłaństwa.
Dalsza część ekspozycji poświęcona jest latom powojennym, w tym kolejnym nominacjom Karola Wojtyły: biskupiej, arcybiskupiej i kardynalskiej. Mamy tu autentyczne dokumenty i sutanny pomieszczone w gablotach ustawionych wzdłuż obszernej sali. Na ścianach gablot z sutannami z różnych okresów życia Karola Wojtyły – pojawiają się jego multimedialne wizerunki.
Ekspozycję uzupełniają informacje zawarte w tabletach ustawionych wzdłuż ścian sali zawierające dane dotyczące różnych aspektów życia i działalności Karola Wojtyły w okresie krakowskim.
Po przyjeździe do Krakowa Karol Wojtyła z ojcem zamieszkał przy ul. Tynieckiej 10 w domu należącym do Roberta Kaczorowskiego, młodszego brata matki. W październiku 1938 roku przyszły papież rozpoczął studia polonistyczne na UJ, rozwijał także swoje aktorskie i poetyckie pasje.
W tym miejscu można zobaczyć m.in. archiwalne fotografie i dokumenty uczelniane, np. protokół egzaminu z gramatyki opisowej współczesnej polszczyzny, z którego Karol otrzymał ocenę dobrą. Studia polonistyczne przerwał wybuch II wojny światowej.
Ten fragment ekspozycji pokazuje Karola Wojtyły jako pracownika zakładów chemicznych Solvay, gdzie w czasie okupacji zatrudnił się, by uniknąć wywozu na przymusowe roboty do Niemiec. Do października 1941 roku pracował w kamieniołomach na Zakrzówku, a przez kolejne trzy lata – w oczyszczalni wody w Borku Fałęckim.
Jednym z najciekawszych eksponatów tego miejsca jest znakomicie zachowana odręczna notatka Karola Wojtyły, którą napisał na sączku laboratoryjnym w 1942 roku, prosząc kolegę o podjęcie za niego wypłaty. Można w tym miejscu obejrzeć także roboczy drelich i drewniaki, w jakich Karol Wojtyła pracował w kamieniołomie oraz kartę pracy (Arbeitskarte).
Poezja i teatr były wielkimi pasjami Karola Wojtyły już od czasów szkolnych. Wśród eksponatów dotyczących tych jego zainteresowań znajdują się m.in. rękopisy jego tekstów (wiersz Matka, tekst Zarys utworu scenicznego), fotografie ze spektakli, w których brał udział oraz zdjęcia osób, które w okresie krakowskim odegrały ważną rolę w jego życiu jak: Jan Tyranowski i Mieczysław Kotlarczyk. W tym miejscu zawisł także portret św. Brata Alberta, który dla Karola Wojtyły był inspiracją nie tylko duchową, ale też artystyczną.
Jesienią 1942 roku Karol Wojtyła podjął decyzję o wstąpieniu do działającego w konspiracji Krakowskiego Seminarium Duchownego. 1 listopada 1946 roku z rąk abp Adama Sapiehy przyjął święcenia kapłańskie, a następnego dnia odprawił swoje msze św. prymicyjne w krypcie św. Leonarda w Katedrze Wawelskiej. Częścią ekspozycji jest replika tej krypty. Na ołtarzu stoją oryginalne – krzyż i lichtarze ze Skarbca Katedry, a na bocznych witrażach można zobaczyć obrazki ks. Karola Wojtyły – prymicyjny z odręcznym wpisem oraz jubileuszowy z okazji 25. rocznicy święceń kapłańskich.
W gablotach po przeciwnej stronie sali można obejrzeć eksponaty związane z pierwszymi latami kapłańskiej posługi ks. Karola, np. jego paszport, mszalik, dyplom magistra teologii oraz przydział pracy – aplikatę kierującą go do parafii w Niegowici – z literówką w nazwisku (zamiast Wojtyła napisano Wojdyła). Można tu też przeczytać piękne świadectwo moralności, które młodemu księdzu wystawił proboszcz niegowickiej parafii.
W tej części ekspozycji pokazano to, co wiąże się z działalnością ks. Karola Wojtyły jako biskupa, a później arcybiskupa Krakowa i kardynała. Zgromadzono tu osobiste pamiątki z tego okresu, np. nakładkę na biurko, wieczne pióro, nożyk do papieru, kapelusz czy skórzaną teczkę bp. Wojtyły. Można zobaczyć także archiwalne fotografie. Część z nich dotyczy udziału przyszłego Papieża w obradach Soboru Watykańskiego II i synodach biskupów.
Eksponatem wieńczącym tę strefę – i zapowiadającą kolejną – jest ostatnia z szeregu sutann i pierwsza papieska sutanna Jana Pawła II, w której pozdrowił zgromadzonych na Pl. św. Piotra 16 października 1978 roku.
