Encyklika „Fides et ratio” z 1998 r. jest przejawem głębokiej troski Ojca Świętego o prawdę. Jej poszukiwanie w świecie postmodernizmu jest – według Papieża – zagrożone przez relatywizm, agnostycyzm i źle rozumiany pluralizm, oparty na „założeniu, że wszystkie opinie mają równą wartość”. Jan Paweł II staje tu po stronie prawdy, która pozwala każdemu człowiekowi poznać obiektywny stan rzeczy.

Papież stara się zająć stanowisko w sporze o wartość intelektu w teologii. Wskazując na takich świętych jak Justyn, Anzelm oraz przede wszystkim Tomasz z Akwinu, przekonuje o konieczności udziału rozumu w procesie poznawania Boga. Oczywiście łaska stanowi podstawę tego procesu, jednak wiara „nie lęka się rozumu, ale szuka jego pomocy i pokłada w nim ufność”. Jan Paweł II zauważa, że wiara oddziałowująca na słaby rozum jest narażona na przeistoczenie się w przesąd lub mit. Dlatego też nieodzowne jest ciągłe poszukiwanie prawdy i przybliżanie się do niej na dwóch skrzydłach – wiary i rozumu.