Kamienica przy ul. Kościelnej 7 (dawniej Rynek 2) została zbudowana około roku 1870. Była własnością aptekarza Seweryna Kurowskiego, wiceburmistrza Wadowic. W 1905 roku kupił ją Józef Lisko – cukiernik i po sześciu latach sprzedał Żydowi Chaimowi Bałamuthowi, kupcowi, prezesowi gminy żydowskiej i radnemu miejskiemu.W marcu 2006 roku kamienica została wykupiona przez Fundację Ryszarda Krauze i przekazana Archidiecezji Krakowskiej.
W kamienicy od strony rynku był sklep Bałamutha z artykułami technicznymi, w podwórku introligatornia Adolfa Zadory, natomiast mieszkania na piętrze wynajmowali lokatorzy. W roku 1919 w domu tym zamieszkali Karol Wojtyła i jego żona Emilia z Kaczorowskich wraz z 13-letnim synem Edmundem, zajmując dwa pokoje z kuchnią.
18 maja 1920 roku urodził się tam drugi syn Karol Józef (przyszły Ojciec Święty Jan Paweł II) i mieszkał przez pierwsze osiemnaście lat swojego życia, przeżywając w 1929 roku śmierć matki, a w 1932 roku – śmierć brata Edmunda. Wadowice opuścił wraz z ojcem w roku 1938, aby studiować polonistykę na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie.
W dawnym mieszkaniu rodziny Wojtyłów dokonano później wielu zmian: podłogę z pomalowanych desek zastąpiono parkietem, drzwi między pokojami umieszczone w amfiladzie w pobliżu okien przesunięto na środek ścian, w pokoju przebito drzwi na balkon, zamurowano dwa okna od strony kościoła i zastąpiono jednym, wreszcie dołączono trzy dalsze pokoje.
Pomysłodawcami zorganizowania muzeum poświęconego Papieżowi byli ks. infułat dr Edward Zacher, wieloletni katecheta Ojca Świętego i wadowicki proboszcz, oraz ks. kardynał Franciszek Macharski. Aby muzeum mogło powstać, konieczne było zapewnienie mieszkańcom kamienicy nowych lokali. W załatwieniu formalności pomógł ks. Zacher, wsparcia udzieliła Kuria Metropolitalna w Krakowie oraz Urząd Miasta Wadowice.
Do roku 1980 większość lokatorów wyprowadziła się, a w latach 1981-1982 przeprowadzono kapitalny remont. Dom był bardzo zniszczony, konieczne było m.in. wzmocnienie stropów i zastąpienie drewnianego balkonu betonowym, wymienienie stolarki okiennej, położenie parkietu. Na 64. rocznicę urodzin Jana Pawła II, 18 maja 1984 roku, wystawa w domu rodzinnym Ojca Świętego była gotowa.
Wśród najcenniejszych eksponatów znalazły się: obrazek-pamiątka Pierwszej Komunii Świętej; szkaplerz, który kilkuletni Karol Wojtyła otrzymał od Ojców Karmelitów w Wadowicach na Górce; obrazek z prymicji z własnoręcznym podpisem; dwa różańce Ojca Świętego, w tym jeden podarowany Mu przez siostrę Łucję z Fatimy; strój kardynalski; sutanna, którą założył bezpośrednio po wyborze na papieża. Wystawę opracował Marek Rostworowski.
W roku 1998 dołączono do stałej ekspozycji dwa pokoje, w których umieszczono kompozycję z fotografii ukazujących w sposób symboliczny Papieża Jana Pawła II i Jego ojczyznę. Były to zdjęcia z trzech wizyt Ojca Świętego w Wadowicach oraz obrazy z 20-lecia pontyfikatu.
Muzeum prowadzone przez Siostry Nazaretanki cieszyło się wielkim zainteresowaniem pielgrzymów i turystów z całego świata. Rocznie dom rodzinny Jana Pawła II odwiedzało 300-400 tys. osób. Wśród wpisów Księgi Pamiątkowej znajdują się m.in. słowa Benedykta XVI.
W związku z planowaną beatyfikacją i kanonizacją Jana Pawła II i spodziewanym znacznym wzrostem liczby zwiedzających, a także nowymi możliwościami w zakresie aranżacji wnętrz obiektów muzealnych, opracowano przy znacznym zaangażowaniu Wiaczesława Smołokowskiego koncepcję gruntownej przebudowy domu rodzinnego Ojca Świętego.
Uchwałą Nr XLII/686/10 z dnia 29 marca 2010 roku w sprawie utworzenia wspólnie z Ministrem Kultury Dziedzictwa Narodowego, Archidiecezją Krakowską oraz Gminą Wadowice instytucji kultury pn. Muzeum Dom Rodzinny Ojca Świętego Jana Pawła II w Wadowicach, Sejmik Województwa Małopolskiego podjął decyzję o utworzeniu z dniem 1 kwietnia 2010 roku Muzeum Dom Rodzinny Ojca Świętego Jana Pawła II w Wadowicach.
12 kwietnia 2010 roku cztery podmioty uroczyście podpisały umowę o utworzeniu instytucji kultury, która zlokalizowana została w Domu Rodzinnym Jana Pawła II. Muzeum zostało wpisane do rejestru instytucji kultury Województwa Małopolskiego. Województwo Małopolskie pełni funkcję organizatora w zakresie wynikającym z obowiązujących przepisów prawa. Do jego kompetencji należało między innymi nadanie statutu instytucji kultury, które nastąpiło 6 maja 2010 roku.