Trzy miesiące po inauguracji pontyfikatu, w styczniu 1979 roku Jana Paweł II udał się w swoją pierwszą zagraniczną podróż: do Dominikany, Meksyku i na Wyspy Bahama. Tak rozpoczął swoje pielgrzymowanie, które miało stać się znakiem rozpoznawczym jego pontyfikatu (więcej o pielgrzymkach papieża, zwłaszcza tych do Polski można przeczytać w zakładce pielgrzymki: https://domjp2.pl/jan-pawel-ii/pielgrzymki-jana-pawla-ii/).
Rok 1979 to także rok pierwszej z ośmiu pielgrzymek do Polski, a także publikacja pierwszej z czternastu encyklik, zatytułowanej „Odkupiciel człowieka” (Redemptor hominis). W ramach audiencji środowych papieża zaczyna wygłaszać cykl katechez, nazwanych katechezami o teologii ciała. Przedstawiane w latach 1979-1984 (z przerwami) katechezy o małżeństwie, a szerzej – o ludzkiej cielesności, tworzą podwaliny dla papieskiego nauczania o rodzinie.
W listopadzie 1980 roku zostaje wydana druga encyklika „Bogaty w miłosierdzie” (Dives in misericordia).
Pełen entuzjazmu czas początku bardzo obiecującego pontyfikatu, przerywa zamach z 13 maja 1981 roku. W czasie audiencji na placu św. Piotra Jan Paweł II został ciężko ranny w wyniku postrzelenia, którego sprawcą był turecki zamachowiec Ali Ağca. Pomimo odniesionych poważnych ran życie papieża udało się uratować. On sam rok później udał się do Fatimy, aby podziękować Matce Bożej za ocalenie. Zamach został bowiem przeprowadzony w rocznicę objawień w Fatimie, dlatego Jan Paweł II uznał swoje ocalenie za dowód szczególnej opieki Maryi.
Fot. Servizio Fotografico L’Osservatore Romano
Komplikacje zdrowotne ograniczyły, ale nie przerwały intensywnej działalności papieża Polaka. Jeszcze we wrześniu, w roku zamachu Jan Paweł II publikuje kolejną encyklikę, tym razem o pracy ludzkiej (Laborem exercens). Natomiast w listopadzie wydaje jedną ze swoich najważniejszych adhortacji apostolskich: Familiaris consortio, jako podsumowanie synodu biskupów na temat rodziny. W tym samy miesiącu mianuje także kard. Josepha Ratzingera nowy prefektem Kongregacji Nauki Wiary, co jest początkiem ścisłej współpracy ówczesnego papieża i jego następcy.
Rok 1983 to promulgacja nowego „Kodeksu Prawa Kanonicznego” oraz kolejna pielgrzymka do Polski (w trudnych warunkach stanu wojennego). To także spotkanie z zamachowcom, który próbował pozbawić życia papieża: 27 grudnia Jan Paweł II odwiedził w rzymskim więzieniu Ali Ağcę. Był to także wyjątkowy rok dla całego Kościoła. Papież ogłosił bowiem rok jubileuszowy z okazji 1950 rocznicy odkupieńczej śmierci Chrystusa. Jubileusz ten obchodzono od 25 marca 1983 roku do 22 kwietnia 1984. Pod sam koniec tych obchodów odbyło się w Rzymie pierwsze spotkanie dla młodzieży, które można uznać za początek Światowych Dni Młodzieży – kolejnej ważnej inicjatywy papieża Polaka. Są to spotkania młodych ludzi, którzy co roku spotykają się w swoich diecezjach, a co kilka lat gromadzą się wspólnie z papieżem w wybranym miejscu na świecie.
Fot. Servizio Fotografico L’Osservatore Romano
W roku 1985 papież opublikował czwartą encyklikę „Apostołowie Słowian” (Slavorum Apostoli) o ewangelizacyjnej działalności św. Cyryla i Metodego. Jesienią tego roku odbyło się Nadzwyczajne Zgromadzenie Synodu Biskupów w dwudziestą rocznicę zakończenia Soboru Watykańskiego II.
Rok 1986 to publikacja kolejnej encykliki – tym razem o Duchu Świętym (Dominum et Vivificantem). 13 kwietnia tego roku miała miejsce historyczna wizyta w rzymskiej synagodze – po raz pierwszy biskup Rzymu odwiedził społeczność żydowską w jej świątyni. Natomiast 27 października z inicjatywy papieża, w ramach obchodów Światowego Dnia Modlitwy o Pokój, w Asyżu odbyło się modlitewne spotkanie przedstawicieli różnych wyznań i religii. Inicjatywa ta na stałe wpisała się w papieski kalendarz, stając się także inspiracją do wydarzeń lokalnych.
Rok 1987 to rok dwóch encyklik: „Matka Odkupiciela” (Redmptoris Mater) oraz encykliki społecznej Sollicitudo rei socialis. W kwietniu w Buenos Aires, po raz pierwszy poza Rzymem, odbyły się Światowe Dni Młodzieży. Natomiast w czerwcu tego roku Jan Paweł II po raz trzeci odwiedził swoją ojczyznę.
1989 rok to kolejne Światowe Dni Młodzieży – tym razem w Santiago de Compostela w Hiszpanii.
Fot. Servizio Fotografico L’Osservatore Romano
W 1990 roku została opublikowana ósma encyklika – o misyjnej działalności Kościoła Redemptoris missio.
W 1991 roku, z okazji setnej rocznicy opublikowania pierwszej encykliki społecznej Rerum novarum Leona XIII, Jan Paweł II ogłosił encyklikę Centesimus annus. W czerwcu tego roku papież po raz czwarty pielgrzymuje do – wolnej już – Polski. Wizyta ta ma swoją kontynuację w sierpniu tego samego roku, kiedy to papież przybywa do Częstochowy na kolejne Światowe Dni Młodzieży.
W 1992 roku Jan Paweł II podpisał nowy „Katechizm Kościoła Katolickiego”. W tym samym roku papież przechodzi poważną operację usunięcia fragmentu jelita grubego, w którym znajdował się guz. 1993 rok to rok ogłoszenia dziesiątej encykliki „Blask prawdy” (Veritatis splendor), poświęconej zagadnieniom uniwersalności norm moralnych. To także kolejne Światowe Dni Młodzieży – tym razem w Denver, w USA.
W 1995 roku Światowe Dni Młodzieży odbywają się w Manili na Filipinach, gromadząc aż ok. pięć milionów uczestników. W tym samym roku Jan Paweł II podpisał także dwie kolejne encykliki – o wartości i nienaruszalności życia ludzkiego (Evangelium vitae) oraz o działalności ekumenicznej Kościoła (Ut unum sint). W maju papież na krótko odwiedza swoją ojczyznę, przy okazji pielgrzymki do Czech.
1996 rok to 50. Rocznica święceń kapłańskich Jana Pawła II. Z tej okazji ukazuje się jego bardzo osobista książka „Dar i tajemnica”, opisująca historię jego powołania.
W 1997 to Paryż gościł kolejnych uczestników Światowych Dni Młodzieży. To także rok VI pielgrzymki Jana Pawła II do Polski.
W roku 1998 ukazała się trzynasta encyklika Jana Pawła II „Wiara i rozum” (Fides et ratio), o relacji pomiędzy wiarą i poznaniem naukowym.
W 1999 roku papież po raz siódmy pielgrzymował do Polski. Odwiedził wtedy aż 21 miejscowości i po raz ostatni był w swoich rodzinnych Wadowicach.
Rok 2000 to drugi rok jubileuszowy ogłoszony przez Jana Pawła II, tym razem z okazji wejścia Kościoła w III tysiąclecie. Jubileusz trwał od 24 grudnia 1999 roku do 6 stycznia 2001 roku. Częścią jubileuszowych obchodów była pielgrzymka papieża do Ziemi Świętej, do miejsc związanych z historią zbawienia. W roku 2000 odbyły się także kolejne Światowe Dni Młodzieży – tym razem w Rzymie.
W 2002 roku Jana Paweł II udał się na swoje ostatnie Światowe Dni Młodzieży – do Toronto w Kanadzie. To także ostatnia wizyta Ojca Świętego w Ojczyźnie. Jej najważniejszym punktem była konsekracja bazyliki Miłosierdzia Bożego w krakowskich Łagiewnikach.
W 2003 roku opublikowano „Tryptyk rzymski” – jedyne dzieło poetyckie, które wyszło spod pióra polskiego papieża. W tym samym roku ukazała się także ostatnia, czternasta encyklika Jana Pawła II: o Eucharystii w życiu Kościoła (Ecclesia de Eucharistia).
W sierpniu 2004 roku Jan Paweł II udał się w swoją ostatnią, sto czwartą zagraniczną podróż – do Lourdes we Francji.
Stan zdrowia Jana Pawła II zaczął się stopniowo pogarszać na przełomie stycznia i lutego 2005 roku. Kolejne interwencje medyczne nie przyniosły znaczącej poprawy. Za pośrednictwem mediów cały świat mógł uczestniczyć w ostatniej papieskiej katechezie na temat cierpienia i umierania. Szczególnie przejmujące okazały się być uroczystości Triduum Paschalnego, w których Jan Paweł II nie mógł już osobiście uczestniczyć, a jedynie łączył się w wiernymi duchowo ze swojej prywatnej kaplicy. W wielkanocną środę 30 marca papież po raz ostatni ukazała się wiernym, którzy w porze audiencji generalnej zgromadzili się na placu św. Piotra. Nie był jednak w stanie wypowiedzieć nawet słów błogosławieństwa. Wierni zaczynają gromadzić się i czuwać na placu św. Piotra, aby towarzyszyć umierającemu papieżowi. Obecni przy papieżu przekazują jedne z jego ostatnich słów, skierowane do przybyłych na plac: „Szukałem was, a teraz wy przyszliście do mnie. Dziękuję wam za to.”.
Papież Jana Paweł II odszedł do domu Ojca w sobotę 2 kwietnia 2005 roku. Wtedy zakończył się jego pontyfikat, trwający 26 lat, 5 miesięcy i 17 dni. Był to trzeci najdłużej trwający pontyfikat w historii Kościoła.
Papież zmarł w wigilię święta Bożego Miłosierdzia, które sam ustanowił na podstawie objawień otrzymanych przez s. Faustynę Kowalską.
Już w czasie pogrzebu Jana Pawła II, który odbył się na placu św. Piotra 8 kwietnia, wierni wznosili okrzyki i przygotowali transparenty z włoskim napisem „santo subito!” (święty natychmiast). Odpowiadając na to wyrażenie woli przez wiernych następca Jana Pawła II papież Benedykt XVI skrócił wymagany do rozpoczęcia procesu beatyfikacyjnego czas oczekiwania – według kościelnych przepisów taki proces może się rozpocząć najwcześniej pięć lat po śmierci kandydata na ołtarze.
Po niezwłocznym rozpoczęciu wymaganego przez prawo procesu i zatwierdzeniu potrzebnego cudu 1 maja 2011 roku Jan Paweł II został ogłoszony błogosławionym. Uroczystość odbyła się w Rzymie, na placu św. Piotra i przewodniczył jej papież Benedykt XVI. Na datę liturgicznego wspomnienia bł. Jana Pawła II wybrano dzień 22 października, czyli rocznicę inauguracji pontyfikatu. Natomiast 27 kwietnia 2014 roku papież Franciszek, w obecności papieża seniora Benedykta XVI ogłosił Jana Pawła II świętym Kościoła katolickiego. Razem z papieżem Polakiem został wtedy kanonizowany papież Jan XXIII.