Ojciec Święty po przylocie do Krakowa udał się na ul. Franciszkańską 3 do Pałacu Arcybiskupów. Tam z okna przywitał się z licznie zgromadzoną młodzieżą. Następnego dnia, 17 sierpnia Papież pojechał do krakowskich Łagiewnik, gdzie konsekrował nową świątynię i dokonał uroczystego „Aktu zawierzenia świata Bożemu Miłosierdziu”. Jan Paweł II wyraził wtedy pragnienie, by „orędzie o miłosiernej miłości Boga, które tutaj zostało ogłoszone za pośrednictwem Siostry Faustyny, dotarło do wszystkich mieszkańców ziemi i napełniało ich serca nadzieją. Niech to przesłanie rozchodzi się z tego miejsca na całą naszą umiłowaną Ojczyznę i na cały świat. Niech się spełnia zobowiązująca obietnica Pana Jezusa, że stąd ma wyjść <<iskra, która przygotuje świat na ostateczne Jego przyjście>>. Trzeba tę iskrę Bożej łaski rozniecać. Trzeba przekazywać światu ogień miłosierdzia. W miłosierdziu Boga świat znajdzie pokój, a człowiek szczęście!” (1)
Tego dnia Ojciec Święty odwiedził wiele miejsc w Krakowie, z którymi był związany. Zatrzymał się m.in. przy ul. Tynieckiej 10, gdzie mieszkał od 1938 do 1944 roku. Kolejnym przystankiem był kościół salezjanów na Dębnikach – jego parafia w latach okupacji. Wieczorem Papież znów pojawił się w oknie przy Franciszkańskiej 3, pod którym spotkały się tłumy:
„Zdradź nam sekret niepojęty, jak być młodym Ojcze Święty! – krzyczała zgromadzona młodzież. – Pomimo starości, pomimo śmierci – młodość w Bogu – odpowiedział 82-letni Jan Paweł II.” (2)
18 sierpnia 2002 roku Papież odprawił uroczystą Mszę św. na krakowskich Błoniach, podczas której beatyfikował ks. biskupa Zygmunta Szczęsnego Felińskiego, ks. Jana Balickiego, s. Sancję Szymkowiak i o. Jana Beyzyma. W czasie homilii wzywał do „kreowania wyobraźni miłosierdzia”, a na zakończenie, gdy chór zaśpiewał „Barkę”, Jan Paweł II z wielkim wzruszeniem wspominał: „Właśnie ta oazowa pieśń wyprowadziła mnie z Ojczyzny przed 23 laty. Miałem ją w uszach, kiedy słyszałem wyrok konklawe”. (3)
Kolejnym punktem pielgrzymki była tego dnia wizyta na Wawelu. Zgodnie z życzeniem Ojca Świętego miała ona charakter cichej modlitwy przy konfesji św. Stanisława BM. Media przez kilkadziesiąt minut transmitowały zatopionego w modlitwie Jana Pawła II.
Później Papież udał się na Cmentarz Rakowicki, gdzie nawiedził grób rodziców i brata. W drodze powrotnej do Pałacu Arcybiskupów zatrzymał się przed kościołem św. Floriana, gdzie jako wikariusz angażował się m.in. w rozwój duszpasterstwa akademickiego. Tradycyjnie już, wieczorem odbyło się spotkanie pod oknem na Franciszkańskiej 3.
19 sierpnia, ostatniego dnia ostatniej pielgrzymki do Ojczyzny, Jan Paweł II wyruszył z Krakowa do Kalwarii Zebrzydowskiej – sanktuarium, z którym związany był od najmłodszych lat. Tam modlił się przed obrazem Matki Bożej, której po raz kolejny zawierzył cały naród, Kościół i siebie samego.
W drodze powrotnej śmigłowiec, którym podróżował zatoczył krąg nad Wadowicami. W tym czasie zgromadzeni na rynku słuchali odczytywanych słów przygotowanego wcześniej papieskiego pozdrowienia.
Później helikopter odleciał w stronę Tatr, by potem powrócić do Krakowa, gdzie Papież odwiedził jeszcze klasztory w Tyńcu i na Bielanach.
Około 18.00 rozpoczęło się pożegnanie Jana Pawła II na Balicach, gdzie Ojciec Święty wygłosił wzruszające przemówienie:
„(…) W chwili, w której przychodzi mi wracać do Watykanu, spoglądam raz jeszcze na was wszystkich z wielką radością i dziękuję Bogu, że dane mi było znowu przebywać w Ojczyźnie. (…) Polskim rodzinom życzę, ażeby w modlitwie znajdowały światło i moc do wypełniania swoich zadań, szerząc w swoich środowiskach przesłanie miłości miłosiernej. Niech Bóg, który jest źródłem życia, błogosławi wam każdego dnia. (…) Obejmuję spojrzeniem duszy całą Ojczyznę. Raduję się z osiągnięć, dobrych zamierzeń, twórczych inicjatyw. Z pewnym niepokojem mówiłem o trudnościach i kosztach przemian, które boleśnie obciążają najuboższych i najsłabszych, bezrobotnych, bezdomnych i tych, którym przychodzi żyć w coraz skromniejszych warunkach i w niepewności jutra. Odjeżdżając, te trudne sprawy Ojczyzny chcę polecić Bożej Opatrzności i zachęcić wszystkich odpowiedzialnych za stan państwa do troski o dobro Rzeczypospolitej i jej obywateli. Niech zapanuje duch miłosierdzia, bratniej solidarności, zgody i współpracy oraz autentycznej troski o dobro naszej Ojczyzny. (…) A na końcu cóż powiedzieć: żal odjeżdżać!” (4)
