W królewskim mieście Feliks zajmował się rymarstwem: prowadził zakład, w którym wypożyczał i naprawiał powozy. Małżonkowie doczekali się dziewięciorga dzieci: siedmiu córek i dwóch synów. Piątym z kolei dzieckiem była Emilia. W 1890 roku rozpoczęła swoją edukację – przypuszczenia niepotwierdzone archiwalnymi dokumentami prowadzą do szkoły Córek Bożej Miłości.
Nie wiemy, w jakich okolicznościach poznała swojego przyszłego męża, ale pewna jest data i miejsce ich ślubu: 10 lutego 1906, krakowski kościół św. Apostołów Piotra i Pawła przy ul. Grodzkiej, który w tamtym czasie pełnił rolę kościoła garnizonowego. Wojtyłowie mieli trojkę dzieci. 27 sierpnia 1906 w Krakowie urodził się Edmund; 7 lipca 1916 urodziła się Olga, która zmarła zaraz po urodzeniu; 18 maja 1920 urodził się Karol Józef, przyszły papież Jan Paweł II. Wojtyłowie początkowo zamieszkali w Krakowie, ale ich życie rodzinne zostało podporządkowane karierze wojskowej Karola Wojtyły seniora.
Z relacji świadków wiemy, że Emilia była elegancką kobietą i troskliwą matką. Niestety, była także słabego zdrowia. Wadowicka sąsiadka Maria Janina Kaczorowa tak ją wspomina: „Pani Emilia była bardzo pogodna i godziła się zawsze z wolą Bożą, była ciężko chora. Na co? To była dla mnie tajemnicą, bo nie wypadało pytać, to wyglądało na serce i na jakiś reumatyzm, jej po prostu chwytało nogi, ale ja nigdy nie pytałam, ona była starsza ode mnie. Było to w latach 1927-1929. Rozmawiałyśmy o wszystkim, jak to sąsiadki: o Lolku, którego taka kochała… martwiła się, że jest taka bezsilna… ubierała się bardzo skromnie, przeważnie w pastelowe barwy, włosy miała długie, czesała je, jak dawniej, w taki czub. Już była lekko siwa. Wyglądało to bardzo oryginalnie. Głos miała cichy, łagodny i powolny (…). Ona była cicha. Była uosobieniem kobiecości. To jest takie moje zdanie. Czy w słowach była oszczędna? Nie, tego nie mogę powiedzieć. Była – co jeszcze raz podkreślam – bardzo kulturalna, taka typowa kobieta dawnych czasów. Ideał kobiety epoki. Była bardzo lubiana, nawet obcy ludzie zauważali w niej niezwykłą pogodę ducha, no i była niezwykle pobożna”.
