18 maja 1984 – Otwarcie Muzeum w 64. rocznicę urodzin Jana Pawła II. Obsługę muzeum stanowiły Siostry Nazaretanki. Aranżację wystawy wykonano wg projektu prof. Marka Rostworowskiego;
1984 – 2010 – Muzeum funkcjonuje jako jednostka Archidiecezji Krakowskiej i ma charakter wystawy stałej. W jego skład wchodziło dawne, dwupokojowe mieszkanie Wojtyłów, złożone z sypialni i salonu oraz kuchni. W miarę pozyskiwania eksponatów w skład muzeum włączono także przyległe do mieszkania Wojtyłów pomieszczenia pierwszego piętra;
marzec 2006 – Budynek zostaje zakupiony przez Fundację Ryszarda Krauze od spadkobierców Przedwojennych właścicieli budynku, a następnie – przekazany w darze Archidiecezji Krakowskiej;
2007 – 2008 – Przygotowanie koncepcji nowej ekspozycji i wstępnego projektu przebudowy Muzeum Dom Rodzinny Ojca Świętego Jana Pawła II w Wadowicach. Projekt zakłada czterokrotne powiększenie ekspozycji do ok. 1200 m kw. na czterech kondygnacjach domu: piwnica, parter, pierwsze piętro i poddasze;
6 kwietnia 2009 – Przeniesienie nabytych przez Fundację Ryszarda Krauze praw autorskich do koncepcji i wstępnego projektu wystawy na Archidiecezję Krakowską;
16 października 2009 – Podpisanie listu intencyjnego, w którym cztery podmioty: Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Województwo Małopolskie, Archidiecezja Krakowska i Gmina Wadowice wyraziły wolę utworzenia nowej instytucji kultury Muzeum Dom Rodzinny Ojca Świętego Jana Pawła II w Wadowicach;
12 kwietnia 2010 – Podpisanie listu intencyjnego, w którym cztery podmioty: Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Województwo Małopolskie, Archidiecezja Krakowska i Gmina Wadowice wyraziły wolę utworzenia nowej instytucji kultury Muzeum Dom Rodzinny Ojca Świętego Jana Pawła II w Wadowicach;
7 kwietnia 2011 – Powołanie Rady Muzeum pod przewodnictwem ks. kard. Stanisława Ryłko;
18 maja 2011 – Podpisanie umowy o dofinansowanie ze środków Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego w wysokości 10 366 208,89 zł w ramach środków Unii Europejskiej;
6.09.2010 – 27.03.2013 – Prace remontowo-budowlane w budynku. Wykonawca: Firma Budowlana J. Kasperczyk sp. jawna ze Smardzowic k. Krakowa; koszt: 13 702 160,11 zł netto;
28 lipca 2011 – Podpisanie umowy na projekt i wykonanie nowej ekspozycji stałej; wykonawca: Kłaput Projekt s.c. z Warszawy; koszt: 5 950 000,00 zł netto;
10 kwietnia 2013 – Podpisanie umowy na dostawę i montaż multimediów; wykonawca: Trias S.A. z Torunia; koszt: 3 581 423,00 zł netto;
9 kwietnia 2014 – Uroczyste otwarcie nowej ekspozycji stałej w przebudowanym budynku.
